Szkoła Podstawowa w Nawodnej powstała w październiku 1945 roku, w budynku poniemieckiej szkoły, który został wybudowany na początku XX wieku  (ok.1905-1908 r.) Usytuowano go w samym centrum wsi przy głównej drodze dojazdowej.
Z informacji pierwszy osadników wynika, ze w czasie działań wojennych w budynku tym funkcjonował szpital żołnierzy radzieckich.

   Pierwszym, który zorganizował szkołę w Nawodnej był Władysław Leszczyński. Przyjechał z rodziną na zachód  z okolic Stanisławowa. Dzięki niemu jesienią 1945 roku powstał Publiczna Szkoła Powszechna, w której pierwszym nauczycielem był p. Grzesiak, potem p. Jan Łukasiewicz pochodzący z Konina.Sprzęt  potrzebny szkole zbierano w okolicznych wsiach. Na początku funkcjonowała tylko jedna sala lekcyjna, gdzie uczyli się wszyscy uczniowie bez podziału na klasy. W latach 1945/46 zaledwie siedem szkół  podstawowych w powiecie chojeńskim posiadało odpowiednie pomieszczenia i jako takie wyposażenie. Można do nich zaliczyć szkołę w Nawodnej. Po szkole poniemieckiej  zostało kilka stołów, krzeseł, tablica, kozioł do zajęć wychowania fizycznego oraz stojak do map, który nadal jest w szkole.

   3 września 1946r. Publiczna Szkoła Powszechna w Nawodnej była juz pięcioklasowa. Uczęszczało do niej 119 uczniów.Najliczniejsza był klasa I - 46 uczniów. W 1949r. szkoła posiadała już siedem klas, w których uczyło się 147 uczniów. Działała drużyna harcerska. która włączyła się do prac porządkowych przy tworzeniu boiska szkolnego na gruzowisku po budynkach mieszklanych i zabudowanich gospodarczych. W budynku szkolnym były trzy izby lekcyjne i mieszkania dla nauczycieli.

   W roku 1954/55 szkoła zmieniła nazwę na Szkoła Podstawowa w Nawodnej. Liczba uczniów stale rosła, dlatego w roku szkolnym  1959/60 podjęto decyzję o adaptacji drugiego budynku na potrzeby szkoły. Mieścił się on naprzeciw budynku szkoły po drugiej stonie ulicy. Budynek nr2  został adaptowany z budynku gospodarczego. Zawierał on trzy sale lekkcyjne oraz salę gimnastyczną ze sceną. Obok  urządzono duże boisko szkolne z bieżnią.                                Dokonano również zmian w budynku szkolnym. Z dwóch przydziałów mieszkaniowych urządzono świetlicę, bibliotekę wraz z czytelnią oraz pokój nauczycielski. Przebudowano piwnice, zmieniając je na szatnię, pracownię prac ręcznych oraz pralnię. w 1965r. do użytku szkolnego została oddana harcówka i sala audiowizualna, a w 1970 roku powstał oddział przedszkolny.

    W roku szkolnym 1966/67 po dokonaniu pelnej reformy oświaty, powstała ośmioklasowa Szkoła Podstawowa w Nawodnej, w której uczyło się 241 uczniów. W latach osiemdziesiątych zorganizowano zaplecze kuchenne, gdzie przygotowywano posilki dla dzieci.